植物所的植物地理学研究早在静生生物调查所和北平研究院植物学研究所时即已开始。1960年，拟定 “中国植物志、植物系统发育、植物地理及实验植物分类学等各项的三年、八年规划草案”，于1962年创建了“中国植物地理研究组”，此后在物种区系、科属分布、分子谱系等多个层面对我国植物地理开展大量研究，发表多部专著。其中，专著《中国种子植物特有属》一书，对于我国生物多样性特别是我国特有植物的保护和利用具有重要意义。 

　　1997年和1999年分获中科院自然科学奖一等奖和国家自然科学奖三等奖。 

《中国种子植物特有属》