我国是世界上拥有蕨类植物最丰富的地区之一，物种数占世界总数的十分之一，科属的数量几乎占到世界总数的90%。针对我国蕨类植物开展系统性研究，对于推动相关学科的发展和进步具有重要意义。 

　　1940年前，蕨类植物的分类系统长期受到英国胡克保守分类系统的影响，一些庞杂的科、属概念得不到澄清，极大地阻碍了学科发展。在大量查阅标本和野外考察的基础上，秦仁昌于1940年发表了《水龙骨科的自然分类系统》，将一个混杂的水龙骨科，分为33个科，列出了5条进化线索。 

　　这是近代蕨类植物系统学上的一个重大突破，动摇了19世纪60年代以来长期统治蕨类分类学的胡克系统，推动了世界范围植物分类系统研究的新高潮。 

　　1954年，秦仁昌又建立起一个完整的中国蕨类植物系统，该系统在《中国植物志》中被采用。1978年，秦仁昌在1940年和1954年成果的基础上，发表了《中国蕨类植物科属的系统排列和历史来源》一文，对中国的蕨类植物提出了更接近自然的分类系统。该系统比以往蕨类植物分类系统更为合理，得到了国际学界的普遍重视，许多科属的分类概念得到国际同行的采用，并形成了秦仁昌系统学派。 

　　1993年，《中国蕨类植物科属的系统排列和历史来源》获得国家自然科学奖一等奖，秦仁昌为成果完成人。

　　《中国蕨类植物科属的系统排列和历史来源》论文 

　　由秦仁昌鉴定的蕨类植物模式标本 

　　获奖证书 

　　成果完成人：秦仁昌